Perbedaan-Perbedaan Lembaga Pemerintah Non Departemen

a.    Perbedaan penamaan kelembagaan

Terdapat bermacam penamaan kelembagaan yang dipergunakan. Ada yang disebut badan (Badan Administrasi Kepegawaian Negara), ada yang lembaga (Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia), ada yang disebut biro (Biro PusatStatistik), ada yang disebut dewan (Dewan Pertahanan Keamanan Nasional), bahkan ada yang tidak disebut bentuk kelembagaan-langsung pada aktivitasnya seperti Arsip Nasional.

b.    Perbedaan penyebutan pimpinan

Sebagian mempergunakan istilah Kepala/Wakil Kepala (seperti Badan Administrasi Kepegawaian Negara), sebagian ada yang amempergunakan istilah Ketua/Wakil Ketua (seperti BAPPENAS). Ada pula yang mempergunakan istilah Direktur Jenderal (seperti BATAN).

c.    Perbedaan kewenangan dalam pengangkatan pejabat dalam lingkungan lembaga.

Sepanjang mengenai Ketua/Wakil Ketua (Kepala/Wakil Kepala) tidak terdapat perbedaan; pengangkatan dan pemberhentian dilakukan oleh Presiden. Tetapi untuk jabatan/jabatan lain terdapat perbedaan-perbedaan. Ada yang sepenuhnya dilakukan Presiden. Ada pula yang dilakukan Presiden atas usul Ketua/Kepala. Di tempat lain, jabatan lebih rendah sepenuhnya wewenang Menteri Sekretaris Negara. Tetapi ada yang oleh Menteri Sekretaris Negara atas usul Ketua/Kepala lembaga yang bersangkutan. Ada pula, wewenang Meneteri Sektetaris Negara harus dikonsultasikan dengan Menteri yang membidangi pendayagunaan aparatur